2012年新疆维吾尔自治区社保资金审计显示，截至2011年底，新疆有16.19万人重复参加新农合、城镇居民医疗保险或城镇职工基本医疗保险；4689人重复参加企业职工基本养老保险、新农保或城镇居民养老保险，由此共造成财政多补贴2866.33万元。

　　审计结果还显示，新疆有767人重复领取养老金78.02万元，2820人重复报销医疗费用918.35万元；昌吉回族自治州、巴音郭楞蒙古自治州、阿克苏地区等7个地（州、市）老农保基金未转入新农保，涉及4596.97万元、4.23万人。

　　新疆审计厅厅长张春林说：“造成以上问题的原因主要是由于企业职工基本养老保险、新农保、城镇居民养老保险覆盖人群不同，险种间缴费政策不同；城镇职工医疗、新农合、城镇居民医疗保险中，新农合以家庭为单位参保、其他险种以个人参保，险种间保障对象有交叉，加之新疆社保业务信息系统分割，信息资源不共享，导致形成多种管理漏洞。”

　　对于上述问题，新疆人力资源与社会保障厅采取整改措施，具体做法包括缴费者是城镇职工医保和城镇居民医保与新农合重复参保的，经办机构与重复缴费人员进行协商后，由其自愿退出一个险种，做到不再出现重复缴费情况；对城镇职工医保与城镇居民医保重复参保的，需在系统中对参保人员一项保险做挂停处理。对新型农村社会养老保险与企业职工基本养老保险重复参保也采取同样措施。

　　为了杜绝此类问题再次发生，新疆人民政府已责成经办机构着手研究、完善有关制度。新疆农牧区卫生工作协调领导小组办公室于8月已印发《关于进一步做好新农合个人缴费收缴工作的通知》，要求各地认真做好参合人员基本信息的录入、核对、核发证（卡）工作，并建立新农合与城镇居民医保信息的沟通机制，完善信息共享平台，通过加强参合（保）人员身份信息比对和核查，消除重复参合（保）的现象。目前，新疆社保局正在建立健全《参保人员审核、复核制度》、《参保人员信息比对制度》等多项制度。此外，不同经办机构之间目前正在逐步建立和完善参保人员信息共享平台，以杜绝重复享受医保待遇的问题。