福建省科协主动融入由国台办、福建省政府主办的第1届至第4届海峡论坛，举办海峡两岸科技社团合作与发展交流会，承办海峡科技专家论坛，共邀请台湾100多个机构、800多位专家学者和大陆20多个省区市科协、1200多位专家学者参加。引进并签约“安全云计算战略合作备忘录”、“戴云山蝴蝶种类资源专项调查研究”等两岸科技合作项目16项，洽谈合作意向项目50多项。

　　2007年以来，举办海峡两岸大学生辩论赛5届，台湾和大陆共80支高校代表队、600多名大学生参赛；举办海峡两岸科技与经济论坛5届、海峡两岸管理科学论坛5届、海峡两岸科普论坛6届，共邀请台湾专家学者1000多名、大陆各地专家学者1300多名参加，交流论文1100多篇，举办地点涵盖10多个两岸城市。海峡两岸大学生辩论赛已由省科协项目升格为中国科协、国台办支持的项目，“一赛三论坛”由在大陆举办扩大到两岸轮番举办，由区域性赛事、论坛升格为全国性赛事、论坛。

　　发挥闽台“五缘”优势，积极开展多层次、多渠道的闽台科技交流，融洽同胞感情，厚植闽台情缘。全省科协系统共接待台湾学者和青年学生516批、7079人次来闽考察交流，组织303批、4503人次我省专家学者赴台考察交流，举办“海峡两岸科普嘉年华”、“闽台青少年科技教育论坛”、“海峡两岸地质灾害防治学术研讨会” 、“海峡两岸青年科学家信息化论坛”等活动。