农业生产的安全与农产品质量安全有着密切的关系。近年来新疆维吾尔自治区农业厅为提升农产品质量安全，多措并举开展大量细致的工作。
全面实施农业标准化。按照“一个产品一个体系”的原则，制定产前、产中、产后各环节标准，并组装配套形成综合标准体系。充分发挥农业龙头企业、产业基地、农民专业合作社和行业协会在标准化示范区建设中的主力军作用，建设一批国家、自治区和地州市级农业标准化示范区。根据各地农业农村经济发展的需要，研究制定农业标准化的发展规划，提高生产的标准化科学水平。
积极开展“三品一标”工作。按照“数量与质量并重、认证与监管并举”的工作原则，加速推进无公害一体化认证工作的步伐，积极开展整县（区、市）产地环评工作。加强对“三品一标”的认证，积极推行GMP(良好操作规范)和HACCP(危害分析与关键控制点)认证，大力发展绿色食品和有机食品认证。
大力推进农产品质量安全检测体系建设。按照《全国农产品质量安全检验检测体系规划》，围绕首府城市、地州所在城市、边境口岸所在县市、农产品主产县市、人口大县和旅游县市，加快建立一批县市级综合性检验检测机构，逐步实现县级全覆盖。同时，抓紧培训检测人员，提高检测能力。
在把地州所在城市批发市场100%纳入监测的基础上，逐步把县市批发市场以及主要产地市场纳入监测范围。同时，做好外来农产品监测工作。
不断强化农产品质量安全监管体系建设。切实做到“到位而不越位，到位而不缺位”，着力强化生产环节管理，推行标准化生产，净化产地环境，强化源头控制，加强生产档案管理，确保农产品质量安全。以推进农业综合执法为突破口，确立“统一监管、分类监测、专业服务、综合执法”的体制框架，着力改善各级执法机构装备条件，加快各级农业部门执法队伍体系建设。
市场准入是农产品质量安全逆向监管的阀门。结合我区当前农产品质量安全发展现状和具体工作条件，按照“分阶段、分步骤、分品种”的原则，力争用2-3年时间逐步在新疆全面实行农产品质量安全市场准入制度。
这几年，在自治区党委、人民政府的正确领导和在农业部的大力支持下，我区农产品质量安全体系建设和管理有了一定进展，主要表现在：
法律法规不断完善。2001年出台的《自治区无公害农产品保护办法》，为我区农产品质量安全事业发展奠定了重要的法律基础，是我区农产品质量安全工作的里程碑。《乌鲁木齐市无公害农产品管理办法》和《乌鲁木齐市农产品质量安全管理条例》顺利实施，对首府农产品质量安全水平的进一步提高起到了积极的促进作用，也有效地保障了首府的食用农产品消费安全。
监管体系建设开始起步。目前，我区农业标准、检验检测、认证体系初步形成，已制定发布自治区地方标准700多项，建设部级质检中心4个，县级农产品质检机构23个，初步形成了区、县相互配套，互为补充的农产品质量安全检验检测体系框架。
标准化生产范围逐步扩大。新疆已创建12个国家级标准化示范县，86个国家级农业标准化示范区。自2009年起，自治区已连续三年在农产品质量安全专项资金专门安排资金开展了标准化示范区建设，新建立126个标准化生产示范区，示范品种涵盖水果、蔬菜、畜牧、水产、林果等农产品。一系列工作措施，促进了农产品质量的进一步提高，也有力地促进了农产品品牌化工作，自治区农业名牌产品数量达40个，名牌农产品数量达12个，国家名牌农产品3个。
农业投入品监管力度加大。农业部相继出台对农作物5种高毒、高残留农药的禁止使用，对瓜果、蔬菜、茶叶类等18种农药的禁止使用和19种农药限制使用的规定。自治区农资打假联合行动协调小组多年来坚持在新疆开展农资打假，一些假劣农资大要案得到查处，一批假劣农资的生产和经营黑窝点被铲除，初步建立了假劣农资的预防、监管机制，农资市场秩序逐步好转。
今年，面对农产品质量安全的监管难度越来越大，自治区农业厅创新工作方法，与14个地州农业局签订了农产品质量执法监管责任书。
市场准入和质量安全追溯制度初步建立。乌鲁木齐市积极探索市场准入管理的实现方式，于2007年在全市实行了农产品质量安全市场准入，建立安全农产品专销市场和专销区，推行安全农产品连锁经营和集中配送，实行产销对接。库尔勒市也于2009年开始实施了农产品质量安全市场准入制度。塔城地区今年10月也将在全地区7个县市全面实行市场准入。吐鲁番、哈密、和田等地对特色农产品探索使用产地编码、档案记录、标签管理等，建立农产品质量安全可追溯制度，取得了初步成效。
